之前测试了一下使用humanlongevity(文特尔的人类长寿公司)在github上开源的xHLA算法来进行NGS数据的HLA分型，效果还不错，可以实现两位的分型，除了个别等位基因可能不全。
不前天用HLA Typing做关键词搜索了一下论文，发现日本的科学家开发了一款HLA-HD，也是今年发表的，号称可以实现6位分型，好奇心使我测试一下。费了九牛二虎之力，终于运行成功了，无奈手头的测序数据不给力，用弱弱的i3个人电脑挣扎着前后花了两天时间，终于跑出一个只分型两个等位基因的结果，也是醉了。这其中应试有测序深度过低，质量太差的原因，也说明这个软件对测序深度和质量要求较高。 继续阅读“HLA-NGS数据处理2–HLA-HD, HLAssign两个软件的使用”