祖源分析学习笔记

除了祖上有不间断的详细族谱的人(这毕竟是少数大家望族才能有的待遇),想必每个人都会对自己的祖上来自哪里充满了好奇,这也是许多人做基因检测的主要目的,探索未知是人类的天性,于是我来探索以下祖源是怎么得出来的。 一直一来,很好奇祖源分析是怎么做的,还尝试过使用一款SPA(Spatial Ancestry analysis)这个软件尝试进行分析,结果差强人意,祖源定位地点总是在海上。。。(在搜索基因型填充时无意中搜到了这个软件,由几个作者写成,第一作者还是华人,有点骄傲,可惜没有针对中国人或者东亚人的模型,只有世界和欧洲人的模型,瞬间又觉得有点失落,好在许多中国公司在积累了几万以上的数据后也开始进行中国人自己的模型构建,而且做得还不错)。

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体验impute.me基因检测分析结果(一)

是个可以让你DIY分析你的基因组的网站,我的基因检测结果是没有提供impute(基因型填充)的,这个网站方便地进行了基因型填充,还有各个基因特征的预测,赞一个!我前面也介绍过,这个网站是开源的,使用R的shiny搭建。当然,这个基因型填 充是基于千人基因组计划进行的,数据结果估计不会像国内测了几十万人的准确。这里还有一个小插曲,前面我的原始结果并不是标准的23andme的,上传时并没有识别,作者还热心地联系我帮助我完成了分析,一并表示感谢。

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树莓派刷openwrt作路由笔记

由于现在的运营商一般会提供一个光猫,其实本身就是一个网关的无线路由,它占用了192.168.1.1这个ip,但是这个路由无线信号覆盖范围太小,难堪大用,于是用闲置的树莓派做一个。刷好第一件事是将树莓用网线连接电脑,打开浏览器192.168.1.1,然后把本地连接lan的ip地址改成一个其他的,如192.168.1.2。并且把gateway位置填上192.168.1.1,同样custom dns填上192.168.1.1。这样就能正常玩耍了。

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将qiime2学习进行到底2

发现自己还是比较菜的,不能在qiime2的结果文件里进行较好的操作来达到获得各种属相对丰度的表,于是决定把数据导出到biom和txt格式来进行后续操作。这样就可以利用qiime2的新算法的优势,和之前已有的宏基因组公众号上介绍的流程来进行后续操作。毕竟,对于16S扩增子分析最重要的就是获得物种分类丰度信息。

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将QIIME2学习进行到底

qiime2-2019.1已经发布,程序稳定性越来越好,鉴于官方已经停止支持qiime1,有必要把qiime2的所有细节都理清,学好,这样才能对自己的数据进行实战分析,并将结果运用于实验和生产过程中。发现文档更新也相当快,感谢公众号宏基因组翻译的文档,让我在看许多专业术语方面扫清不少障碍,但是你介于翻译过来的命令却已经过时,还是对照着看最新版的,基本上很少改动,当然,专业英语好的除外。

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qiime2-2019.1更新学习笔记

QIIME2 2019.1发布啦,继续紧跟步伐,看看更新了哪些内容,一并备忘。 这个发布生版本主要针对更新依赖环境,升级到了Python 3.6,一个新的 r-vegan Adonis visualizer,修复了一些小bugs,虚拟机镜像和新的预训练分类器立马可得。

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基因检测之《生命的语言》读书笔记

自从高中毕业选择生物工程专业入行,到研究生阶段微生物学的学习,再到工作开始做基因检测方面的工作,很庆幸基本上在生命科学领域学习和工作。每月去一次的图书馆,让我对科技的好奇心得以保持,互联网的畅达,让我得以接触到全世界的资讯。虽然,在工作之余,我的兴趣大部分在电子、电脑和软件方面。这本《生命的语言》就是借自南图,以一个基因检测从业者身份学习科学大家如何对大众进行基因和生命科学的科普。记录一下读书笔记和心得,并摘抄部分我们可以采取的行动,备忘和便及大家。

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PCA画图学习

昨天,想用R语言画个PCA图,来确认一批样本重复测序的吻合度,虽然已经单个数据审视和检查过了,还是用PCA看一下整体的情况,于是决定学画PCA图。使用搜狗微信搜索,找到一篇百迈客微信公众号的视频讲解,讲的不错,跟着以1.5倍速听完就可以画出自己的图了,挺开心的。

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